Anadolu Üniversitesi Eczacılık Fakültesinde Dekan Yardımcılığı (1982-1993), Eczacılık Meslek Bilimleri Bölüm Başkanlığı (1982-1993), Farmakognozi Anabilim Dalı Başkanlığı (1982-), Üniversite Yönetim Kurulu ve Senato Üyeliği (1981-2001), Senato Üyeliği (2007-2010) görevlerini yürüttü. Ayrıca, 1980 yılında Tıbbi Bitkiler Araştırma Enstitüsü adıyla kurulan, 1982’de adı Tıbbi Bitkiler Araştırma Merkezi olan (sonraki adı Tıbbi ve Aromatik Bitki ve İlaç Araştırma Merkezi) (TBAM)’nin Müdürlüğüne getirildi (1980-2002).

1984-1994 yılları arasında TBAM’ın gelişmesine katkı sağlayan ” Tıbbi ve Aromatik Bitkilerden İlaç Hammaddeleri Üretimi ” adlı UNDP/UNIDO projesinin I. ve II. Safhasının Ulusal Proje Koordinatörlüğü’nü yaptı.

1987’de Farmakognozi Anabilim Dalı’nda profesörlüğe yükseltildi.

1988 yılından itibaren her yıl Eylül ayında Eskişehir’de üç hafta süreyle düzenlenmekte olan Gelişmekte Olan Ülkelere yönelik ” Tıbbi ve Aromatik Bitkilerin İlaç ve İlgili Diğer Sanayilerde Kullanımı (TRUMAP) ” konulu grup eğitim programlarının Eğitim Müdürlüğü görevlerini yürüttü. Yapılan 10 eğitim programında 40 ülkeden 100 kişiye eğitim verildi.

Birleşmiş Milletler Sınai Kalkınma Teşkilatı (UNIDO) adına Nijerya, Gana, Sierra Leone, Sudan ve İran’da toplam 6 ay boyunca tıbbi ve aromatik bitkilerin endüstriyel kullanımı konusunda bilimsel ve teknik danışmanlık yaptı.

1993-2001 yılları arasında Eczacılık Fakültesi Dekanlığı görevini yürüttü.

6-26 Ekim 1997 tarihleri arasında Güney Afrika, Zambiya, Malawi, Uganda, Etiyopya ve Gana’da uçucu yağların kalitesinin iyileştirilmesi konusunda UNIDO danışmanı olarak görev yaptı.

Kısa süreli danışman olarak, Kasım-Aralık 2011’de bir UNIDO projesi için Mısır’da; Şubat 2013’te bir FAO projesi için Özbekistan’da; 2018’de bir UNIDO projesi için Umman’da çalıştı.

Ekim 1995’te İstanbul’da düzenlenen 13. Uluslararası Uçucu Yağlar, Koku ve Tat Maddeleri Kongresi esnasında Prof. Başer’e Uluslararası Uçucu Yağlar ve Aroma Ticareti Federasyonu (IFEAT) tarafından Üstün Hizmet Madalyası verildi. Prof. Başer IFEAT’ın Onur Üyesidir.

1985-2012 yılları arasında Sağlık Bakanlığında, üçlü kararnameyle atandığı, Türk Farmakope Komisyonu üyeliği görevini yürütmüştür. 1985-1992 yılları arasında Sağlık Bakanlığı’nda Bitkisel İlaç Ruhsat Komisyonu üyesi olarak görev yapmıştır. 1994 yılında Sağlık Bakanlığı İlaç Danışma Kurulu üyeliğine seçilmiştir. 1995-1999 arasında Avrupa Farmakopesi Komisyonu 11 no.lu Uzmanlar Komitesi üyeliğini yapmıştır. 1999-2012 yılları arasında 13B no.lu Uzmanlar Komitesi üyesi olmuştur. 2008-2012 yılları arasında TCM Çalışma Partisi’nin üyeliğini yapmıştır. 1992-1997 yılları arasında UNESCO kuruluşu olan Asya Pasifik Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Enformasyon Ağı (APINMAP)’ın Türkiye temsilciliğini, 1996-2000 yılları arasında Akdeniz’in Yararlı Bitkileri Ağı (MEDUSA)’nın Türkiye temsilciliğini yürütmüştür. 2001-2012 yılları arasında Trieste, İtalya’da kurulu UNIDO destekli Uluslararası Bilim ve Yüksek Teknoloji Merkezi (ICS), tıbbi ve aromatik bitkiler ağında Türkiye için Ulusal Odak Noktası olarak görev yapmış ve uçucu yağlar konusunda Eskişehir’de 2 eğitim programı düzenlemiştir.

Özbekistan Bilimler Akademisine bağlı Bitki Maddeleri Kimyası Enstitüsü (ICPS) ile TBAM arasında 1993 yılında tesis edilen iş birliği anlaşmaları sayesinde çok sayıda araştırmacının her iki kurum arasında kısa süreli mübadeleleri gerçekleştirilmiştir, 1994 yılından itibaren Türkiye ve Özbekistan’da her iki yılda bir karşılıklı olarak Uluslararası Bitki Maddeleri Kimyası (SCNC) sempozyumları düzenlenmiştir. [1. 1994 Taşkent; 2. 1996 Eskişehir; 3. 1998 Buhara; 4. 2001 Isparta; 5. 2003 Taşkent; 6. 2005 Ankara; 7. 2007 Taşkent; 8. 2009 Eskişehir; 9. 2011 Urumçi (Çin): 10. 2013 Taşkent; 11. SCNC 2015 Antalya; 12. 2017 Taşkent; 13. 2019 Şanghay; 14. 2021 Taşkent; 2023 Antalya]

Kasım 1997-Şubat 2003 arasında Uluslararası Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Konseyi (ICMAP)’ın Genel Sekreterliği görevini yürütmüştür. Şubat 2003’te Chiang Mai’de (Tayland) ICMAP’ın Başkan Yardımcılığına seçilmiştir. Kasım 2008’de Cape Town (Güney Afrika)’da ICMAP’ın başkanlığına seçilmiştir. Ağustos 2014’te Brisbane (Avustralya)’da ICMAP’ın Başkan Yardımcılığına seçilmiş ve WOCMAP VI’yı 13-17 Kasım 2019’da Mağusa, K. Kıbrıs’ta düzenlemiştir.

Kozmetik Araştırmacıları Derneği (TÜKAD)’nin kurucu üyesi olup 2002 yılına kadar derneğin başkanlığını yapmıştır. Fitoterapi Derneği’nin kurucu üyesidir. Nisan 2005’te kurulan Flora Araştırmaları Derneği’nin kurucu üyesi olup başkan yardımcısı olarak görev yapmıştır. Anadolu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Mezunları Derneği (ESEM)’nin kurucu üyesi olup, kurulduğu 1998 yılından 2012’ye kadar derneğin başkanlığını yapmıştır.

TÜKAD Başkanı olarak, 1993 yılından beri Türkiye’de dört Uluslararası Kozmetik Sempozyumu (IcoS) düzenlemiştir. 1996 ve 2009’da 2. ve 8. Uluslararası Doğal Maddeler Kimyası Sempozyumu’nu (SCNC); 1997’de ise 28. Uluslararası Uçucu Yağlar Sempozyumu (ISEO)’nu Eskişehir’de düzenlemiştir. 1995’te İstanbul’da yapılan 13. Uluslararası Uçucu Yağlar, Koku ve Tat Maddeleri Kongresi (ICEOFF)’nde Bilim Komitesi Başkanı, 1997’de Arjantin’in Mendoza şehrinde düzenlenen 2. İnsan Sağlığı için Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Dünya Kongresi (WOCMAP II)’nde Başkan Yardımcılığı görevini yürütmüştür. 2003’te Chiang Mai, Tayland’da düzenlenen WOCMAP III’ün Organizasyon Komitesinde görev almıştır. 2005’te İstanbul’da düzenlenen 4. Uluslararası Etnobotanik Kongresi (ICEB)’nin 2007’de Eskişehir’de düzenlenen 7. Uluslararası Güneybatı Asya Bitki Hayatı (7th PLoSWA) Sempozyumu’nun başkanlığını yapmıştır. 1997’den beri Uluslararası Uçucu Yağlar Sempozyumu (ISEO)’nun Uluslararası Organizasyon Komitesi’nin daimi üyesidir. 1993’ten beri her iki yılda bir Özbekistan ve Türkiye’de düzenlenen Uluslararası Doğal Maddeler Kimyası Sempozyumu (SCNC)’nin daimi eşbaşkanıdır. 2011 yılı eylül ayında peş peşe GA, HERBAN ve ISEO toplantıları düzenledi. Lamiaceae Biliminde Gelişmeler Uluslararası Sempozyumu 2017’de Antalya’da düzenlendi. Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Dünya Kongresi (WOCMAP VI), 2019’da Kuzey Kıbrıs’ta düzenlendi. 1987 yılından beri 40’ı aşkın ulusal ve uluslararası bilimsel toplantı düzenlemiştir.

Şubat 1998’de dünyanın en prestijli biyolojik bilimler kuruluşu olan, Londra’da kurulu Linnean Society üyeliğine seçilmiş ve Fellow of the Linnean Society (FLS) unvanını almıştır.

Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Geleneksel Tıp Uzman Danışma Paneli üyeliğine seçilmiştir (2007-2015). Süresi yeniden uzatılmıştır.

2006 yılında Türk Eczacıları Birliği Eczacılık Akademisi Yönetim Kurulu üyeliğine; Şubat 2008’de ise Akademi Başkanlığına atanmış ve bu görevi 2012’ye kadar sürdürmüştür.

Ağustos 2009’da GA’nın Cenevre’de yapılan 57. Uluslararası Kongre ve Genel Kurulu’nda Uluslararası Tıbbi Bitki ve Doğal Ürün Araştırmaları Derneği’nin (GA) Danışma Kurulu (BoA) üyeliğine seçilmiş ve 2014’e kadar görev yapmıştır. 2011 yılında 59. GA Kongresi’ni Antalya’da düzenlemiştir.

Mayıs 2003’te Özbekistan’ın Taşkent şehrinde düzenlenen 5. Uluslararası Doğal Maddeler Kimyası Sempozyumu’nun (5. SCNC) açılış töreninde, uluslararası bilimsel işbirliğinin gelişmesi ve bilime yaptığı hizmetlerden ötürü, Rusya’da kurulu Bilimsel Ortaklık Vakfı’nın “Gümüş Liyakat Madalyası” ile taltif edilmiştir.

Mayıs 2004’te Türkiye’de ilk kez düzenlenen Eczacılık Ödülleri 2004 kapsamında “Akademisyen Ödülü“ ne layık görülmüştür.

Rotary International’ın kuruluşunun 100. Yılı kutlamaları çerçevesinde Türkiye Rotary tarafından “Rotary 100. Yıl Özel Mesleki Başarı Ödülü”ne layık görülmüştür (15 Ocak 2005, Antakya)

Türk Eczacıları Birliği Eczacılık Akademisi’nin ilk defa 2005 yılında ihdas ettiği Bilim Ödülü’nü kazanmıştır (13 Mayıs 2005, Ankara).

Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK)’nun 2005 yılı Bilim Ödülü’nü (Sağlık Bilimleri) almıştır (28 Aralık 2005, Ankara).

Çağdaş Gazeteciler Derneği Eskişehir Şubesi’nin Bilim Ödülü’nü almıştır (15 Ocak 2006, Eskişehir).

Popüler Bilim Dergisi’nin, Sağlık Bilimleri alanında 2008 yılı Bilim Ödülü’nü almıştır (22 Şubat 2009, Ankara).

ISHS (Uluslararası Bahçe Bitkileri Derneği) Madalyası’na layık görülmüştür (20 Ağustos 2014, Brisbane, Avustralya).

25.09.2017’de TEB Eczacılık Akademisi’nin Şükran Plaketi ile taltif edildi.

2017, 2018, 2020, 2021, 2022, 2023, 2026 yıllarında Yakın Doğu Üniversitesi’nin Yayın Ödülü’ne; 2018’de ise Yayın Onur Ödülü’ne layık görüldü.

2019 yılında Yakın Doğu Üniversitesi’nin Yayın Ödülü’ne ve En İyi Akademisyen Ödülü’ne layık görüldü.

2019 yılında Eczacı Dergisi’nin Altın Havan Hizmet Ödülü’ne layık görüldü.

2021 yılında Türk Eczacılar Birliği’nin Yaşam Boyu Onur Ödülü’ne layık görüldü.

2023 yılında İtalya’nın Milazzo kentinde düzenlenen 53. Uluslararası Uçucu Yağlar Sempozyumu’nda (13-16 Eylül) ISEO Madalyası ile taltif edildi.

Prof. Başer, ülkemiz florasının rasyonel kullanımını, çevre koruma bilinci içinde gerçekleştirmeye yönelik araştırma ve eğitim çalışmaları yapmaktadır. Türkiye florasının uçucu yağlar yönünden taranmasıyla ilgili geniş kapsamlı bir projeyi yürütmektedir.

Son yıllarda beş bitkiye adı verilmiştir: Origanum husnucan-baseri H. Duman, Z. Aytac et A. Duran ve Aristolochia baseri Malyer et Erken, Centaurea baseri Kose et Alan, Thymus baseri  Öztürk, Yaylacı, Koyuncu et Ocak, Pimpinella husnucan-baseri A.Duran et Lyskov

Türkiye florasına dahil beş yeni bitki türünün isimlendirilmesi ve Türkiye için yeni kayıtlı iki bitki türünün belirlenmesi, Prof.Başer’in de dahil olduğu bilim adamları tarafından gerçekleştirilmiştir.

Prof. Fatih Demirci ile birlikte Eskişehir Teknoparkı’nda (ATAP) BadeBIO adlı bir biyoteknoloji şirketi kurdu (Kasım 2009).

Prof. Dr. Gerhard Buchbauer ile birlikte Essential Oils: Science, Technology and Applications (Uçucu Yağlar: Bilim, Teknoloji ve Uygulamalar) kitabının editörlüğünü yaptı. Kitap, CRC Press (Taylor & Francis) tarafından Ocak 2010’da yayımlanmıştır. Kitabın 2. baskısı Kasım 2016’da yayınlandı. Bu baskı American Botanical Council tarafından Mart 2017’de James A. Duke Excellence in Botanical Literature ödülüne layık görüldü ve ABD’de yılın kitabı seçildi. Kitabın 3. baskısı Ağustos 2020’de yayımlandı.

50. Kırımer ve A. Mat editörlüğünde Prof. Başer’in 50. Yaşı anısına “Essential Oils (Uçucu Yağlar)” kitabı 1999’da yayımlandı.

ABD’de basılan “Natural Product Communications” dergisinin bir özel sayısını [5(9)2010] Prof. Başer’in 60. Yaşı onuruna çıkarttı (Eylül 2010). Aynı dergi 2021 yılında Prof. Başer’in 70. Yaşı onuruna bir özel sayı daha yayınladı.

“Molecules” dergisi, Ağustos 2021’de Prof. Başer’in farmakognozi, bitki kimyası, botanik ve etnofarmakoloji alanlarına yaptığı olağanüstü katkıları onuruna, İhsan Çalıs, G. Horvath ve A. Ludwiczuk editörlüğünde bir özel sayı yayımladı.

Anadolu Üniversitesi Rektör Danışmanlığına (Bilimsel Makaleler) atandı (2010-2011).

16 Şubat 2011 itibarıyla üniversiteden emekliye ayrıldı. Suudi Arabistan’ın başkenti Riyad’daki King Saud Üniversitesi Fen Fakültesi Botanik ve Mikrobiyoloji Bölümü’nde 2011-2016 yılları arasında Misafir Profesör olarak görev yaptı.

Akdeniz Bölgesi Fitotaksonomik İncelemeler Organizasyonu (OPTIMA) Uluslararası Yönetim Kurulu üyesidir (2013-).

TBAM’daki görevi esnasında Biyolojik Etki Tarama, Hayvan Hücre Kültürü, Kozmetoloji, Biyotransformasyon ve Antioksidan Aktivite Ölçüm laboratuvarlarının kuruluşunu gerçekleştirmiştir.

Eczacılık Fakültesi Herbaryumu’nun (akronimi ESSE) kurucusudur.

Prof.P.H.Davis’in anıtsal eseri Türkiye ve Doğu Ege Adaları Florası’nın 2001 yılında Edinburgh University Press tarafından basılan 2. eki (Vol.11)’nin dört editöründen biridir. Diğer editörler: Prof.Dr.Adil Güner, Prof.Dr.Tuna Ekim ve Prof.Dr.Neriman Özhatay.

Kasım 2013-Temmuz 2014 arası İstanbul’daki Bahçeşehir Üniversitesi’nde Teknoloji Transfer Ofisi Müdürü olarak yarı zamanlı çalıştı.

1 Mart 2016’da Kuzey Kıbrıs (Lefkoşa)’daki Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi’nde göreve başladı.

27.11.2016’da Bilim Akademisi Derneği’ne Asli Üye olarak seçildi.

24.02.2017’de Yakın Doğu Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Müdürlüğü’ne atandı.

Kasım 2020’de Yakın Doğu Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Müdürlüğüne atandı.

2023’te Yakın Doğu Üniversitesi Rektör Danışmanlığına atandı.

Mayıs 2017’de Sanko Holding tarafından basılan “Bilime Yön Veren 100 Türk” kitabında 35. Sırada yer aldı.

Eylül 2021’de Prof. Dr. Neşe Kırımer ile birlikte yazdığı Farmakognozi ve Fitoterapi kitabı İstanbul Tıp Kitabevi tarafından yayımlandı.

2025’te Araştırma Sonuçlarının Ardındaki Hikayeler kitabı İstanbul Tıp Kitabevi tarafından, Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Kitabı ise ANG Vakfı tarafından yayımlandı.

Prof.Başer’in başlıca araştırma konuları alkaloitler, uçucu yağlar ve doğal ürünler üzerinde biyolojik, analitik, kimyasal, farmakolojik ve teknolojik çalışmalardır. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanmış 910 (670’i SCI dergilerinde) (1’i baskıda) ve yerli dergilerde yayınlanmış 217 olmak üzere toplam 1127 araştırma makalesi; kongre kitaplarında yayınlanmış 142 kongre bildirisi, 64 adet kitap veya kitap chapter’ı bulunmaktadır. Kitaplarından biri İngiltere’de, biri Japonya’da, diğeri ise 3 kez ABD’de basılmıştır. Yani, yayınlanmış ve yayına kabul edilmiş toplam 1333 bilimsel eser bulunmaktadır. 328 yerli ve uluslararası toplantı veya kongrede 1089 bildiri sunmuştur. Çeşitli kuruluşlarda 51 konferans vermiştir. SCI’ye göre 666 makalesine en az 17.595 kez atıf yapılmıştır. H-indeksi 60’dır. Google Scholar’a göre yayınlarına 58.537 atıf yapılmıştır; H-indeksi 98; i10-indeksi 729’dur. Muhtelif kuruluşlar için 19 adet kapsamlı proje raporu hazırlamıştır. 18 Araştırma ve 16 Geliştirme Projesini yürütmüştür. 35 uluslararası ve yerli bilimsel derneğin üyesidir. 22 Uluslararası ve yerli bilimsel derginin “Editörler Kurulu” üyesidir. Tıbbi ve Aromatik Bitkiler Bülteni’nin ve TRUMAP Newsletter’ın editörlüğünü yapmıştır. Yakın Doğu Eczacılık Dergisi’nin editörüdür. Natural Volatiles and Essential Oils dergisinin 8 yıl boyunca baş editörlüğünü yapmıştır. Yönetiminde 19 yüksek lisans ve 10 doktora tezi tamamlanmıştır.

Prof.Başer evli ve iki çocuk babası olup 3 torun dedesidir.